Бори аввал дар ҷумҳурӣ соли 1932 Стансияи давлатии селексионию лалмикории Тоҷикистон таъсис дода шуд. Соли 1956 дар заминаи муассисаи мазкур Институти илмию тадқиқотии зироатпарварии Вазорати хоҷагии қишлоқи РСС Тоҷикистон ташкил карда шуд. Соли 1987 ин муассиса ба Иттиҳодияи илмию истеҳсолии «Зироаткор» табдил дода шуда то соли 2008 фаъолияташро идома додааст.
Дар асоси қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 2 майи соли 2008, № 215 муассисаи мазкур дар номгӯи муассисаҳои илмию таҳқиқотии академияи илмҳои кишоварзии Тоҷикистон Институти зироаткорӣ номгузорӣ карда шудааст. Тибқи қарорҳои Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 8.07.2017, №342 ва аз 31.08.2020, №487 номгузории ин муассиса мукаммал гардонида шудааст.
Дар солҳои гуногун дар пойгоҳи муассиса якчанд институтҳои соҳавӣ: с.1971 Институтичорводорӣ;с.1978 Институтибоғпарварӣ ва сабзавоткорӣ; с.1985 Институти иқтисодиёти кишоварзӣ; с.2007 Маркази миллии Ҷумҳуриявии захираҳои генетикӣ ташкил гардида, ҳоло ин муассисаҳо мустақилона фаъолият менамоянд.
