Министерство энергетики и водных ресурсов Республики Таджикистан было образовано согласно Указу Президента Республики Таджикистан от 19 ноября 2013 года, №12 на базе Министерства энергетики и промышленности Республики Таджикистан путем передачи в его полномочия функции политики и регулирования по водным вопросам от упраздненного Министерства мелиорации и водных ресурсов Республики Таджикистан и отделения от бывшего Министерства энергетики и промышленности функций, касающихся промышленности.
Министерство энергетики и водных ресурсов Республики Таджикистан является одним из ключевых министерств в Правительстве Таджикистана, занимающийся вопросами воды и энергетики, являющихся стратегически важными ресурсами для социально-экономического развития страны.